Mivel a Tomato Brown Rugose Fruit Virus világszerte megfertőzi a paradicsom- és paprikanövényeket, a vetőmag-cégek rezisztens paradicsom nemesítésén dolgoznak.
Gazdag genetikai és genomikai erőforrások álltak a paradicsomtenyésztők rendelkezésére már a paradicsom genomi szekvenálási projektjeinek megkezdése előtt. Több helyen már régóta nagy paradicsom csíraplazma gyűjteményeket hoztak létre. Több mint 75,000 XNUMX paradicsomlécet őriznek a génbankokban szerte a világon. Az egyik legnagyobb az USDA génbank Genfben, NY.
A paradicsom genomjának szekvenálása 2005-ben indult el 14 ország multinacionális erőfeszítéseként, és 2012-ben fejeződött be. Ezeket az erőfeszítéseket nagymértékben felgyorsították a mesterséges intelligencia, a gépi tanulás és a fejlett algoritmusok alkalmazása nagy mennyiségű genetikai és fenotípusos adat elemzésére.
Paradicsom pángenom
A Boyce Thompson Intézet kutatói 2020-ban kiváló minőségű referenciagenomot hoztak létre a vadon élő paradicsom számára, hogy teljesebb és hasznosabb paradicsom pángenomot hozzanak létre. Felfedezték a genom olyan szakaszait, amelyek a gyümölcs ízének, méretének és érésének, stressztűrésének és betegségekkel szembeni rezisztenciájának hátterében állnak. Részben a legmodernebb szekvenálási technológiáknak köszönhetően, amelyek nagyon hosszú DNS-darabokat képesek olvasni, a referenciagenom teljesebb és pontosabb, mint a meglévő adatbázis.
A régebbi szekvenálási technológiák, amelyek rövidebb DNS-darabokat olvasnak be, a mutációkat egybázisú szinten azonosítják. Azonban nem jók abban, hogy olyan szerkezeti változatokat találjanak, mint például a nagy DNS-darabok inszerciói, deléciói, inverziói vagy megkettőződései.
2019-ben egy nemzetközi kutatócsoport 725 filogenetikailag és földrajzilag reprezentatív fajta genomszekvenciáiból paradicsom pángenomot épített fel. Ez az adatbázis 4,873 gént tartalmaz, amelyek nem találhatók meg az eredeti referenciagenomban. A jelenlegi/hiányzó variációs elemzések jelentős génvesztést és a gének és promóterek intenzív negatív szelekcióját tárták fel a paradicsom háziasítása és javítása során.
Olvassa el a teljes cikket a www.seedworld.com oldalon.